En stubbfräs är en maskin som används för att ta bort stubbar genom att mala ner dem till flis. Den har ett roterande skärhjul med hårdmetalltänder som successivt fräser bort stubben och ibland även en del av rotsystemet.

Stubbfräsar används efter trädfällning när man vill ta bort stubben för att återställa marken, förhindra skottbildning eller förbereda för nyplantering, byggnation eller gräsmatta.

De flesta stubbfräsar når ett fräsdjup på 15–30 cm under marknivå. Det räcker oftast för att möjliggöra plantering eller ytliga markarbeten utan att stubben stör.

Flisen som uppstår vid fräsning kan lämnas kvar och användas som täckmaterial, komposteras eller transporteras bort beroende på markens användningsområde och kundens önskemål.